生物工程学院团学分为生物工程学院学生会和生物工程学院团委两大组织。其中生物工程学院学生会下设生物工程学院学生代表大会，并分为学生会执行委员会和监督前者的学生委员会。学生会执行委员会设执行主席一名，主席两名，其下分管办公室、体育部、外联部、文艺部、学创部、社团发展部、科创团和生生不息。学生委员会设一名主任和两名副主任，其下分管权益部。生物工程学院设书记（老师）一名，学生副书记一名，宣传委员，组织委员，其下分管宣传部、组织部、青志协。

主席团：由学生执行委员会主席团构成，3名主席团成员（轮流担任执行主席）。

主任团：由学生委员会正副主任组成，1名主任，2名副主任。

部长团：由各部门的部门负责人组成。

办公室：两名部门负责人、若干志愿者。

社团发展部：两名部门负责人、若干志愿者。

体育部：两名部门负责人、若干志愿者。

外联部：两名部门负责人、若干志愿者。

文艺部：三名部门负责人、若干志愿者。

学创部：三名部门负责人、若干志愿者。

权益部：两名部门负责人、若干志愿者。

科创团：两名部门负责人、若干志愿者。

生生不息：两名部门负责人、若干志愿者。

宣传部：五名部门负责人、若干志愿者。

组织部：三名部门负责人、若干志愿者。

青志协：三名部门负责人、若干志愿者。