裘思哲博士
生物工程专业：硕士生导师
个人简介：
华东理工大学生物工程学院特聘副研究员。2020年6月于加州大学圣迭戈分校（University of California, San Diego）获生物工程学士学位，2021年6月于加州大学圣迭戈分校获生物工程硕士学位，硕士导师为Bernhard Palsson教授。2024年10月于牛津大学（University of Oxford）获工程科学博士学位，博士导师为Aidong Yang教授。2025年1月至2026年4月在牛津大学生物医学工程研究所从事博士后科研工作。2026年6月入职华东理工大学生物工程学院，加入国家生化工程技术研究中心。科研方向聚焦数字化细胞工厂赋能生物制造，相关研究成果以第一作者或共一第一在Metabolic Engineering、ACS Synthetic Biology、Briefings in Bioinformatics、Biotechnology and Bioengineering等国际知名期刊发表论文14篇。以杰出学术成果于2024年获得中国国家留学基金委员会国家优秀自费留学生奖学金（A类）与牛津大学Brasenose学院Senior Hulme Scholarship。
研究方向：
聚焦数字化细胞工厂赋能生物制造，融合机理与数据驱动模型优化生物过程。从基因调控到代谢流重编程，解析环境对细胞生长代谢的影响，构建精准模拟工业发酵环境的细胞代谢数字孪生，为智能生物制造提供核心理论与关键技术。
l环境异质性下底盘细胞蛋白质资源分配规律解析与关键节点挖掘。
l机器学习多尺度预测代谢动力学，如酶周转数、最优温度等。
l构建环境因素响应型代谢模型并赋能理性细胞改造与工艺优化。
l多组学驱动菌群互作解析与调控，如食品发酵菌群、口腔菌群等。
主持或参加的科研项目或基金：
1.英国生物技术和生物科学研究委员会，通过开发新型生物催化剂实现可持续的培养肉生产，项目编号：BB/Y007859/1，180万英镑，参与。
2.国家自然科学基金，“酮香型”酸奶中身份标识性甲基酮类组分形成机制与代谢调控研究，项目编号： 32302265，30万元人民币，参与。
3.国家乳业技术创新中心，乳酸菌乳品发酵技术研发及产业化应用，项目编号：2021-National Center of Technology Innovation for Dairy-6，80万元人民币，参与。
4.国家乳业技术创新中心，发酵剂稳定生长代谢状态恒化培养及产香代谢优化关键技术研究，项目编号：2023-QNRC-2，50万元人民币，参与。
代表性论文：
1. Sizhe Qiu#, Eliska Kratochvilova#, Wei E. Huang, Zhanfeng Cui, Tom Agnew, Aidong Yang*, Hua Ye*. Proteome constrained metabolic modeling of Sus scrofa muscle stem cells for cultured meat production. Metabolic Engineering, 2026, 94: 252-263.
2. Sizhe Qiu, Haris Saeed, Will Leonard, Feiran Li*, Aidong Yang*. Machine learning for enzyme catalytic activity: current progress and future horizons. Briefings in Bioinformatics, 2026, 27(1): bbag002.
3. Sizhe Qiu#,Haojie Ni#,Aidong Yang,Hong Zeng*,Yanbo Wang*. Deciphering Ecological Interactions in Oral Microbiome Remodelling Associated with Aging-Induced Taste Sensitivity Decline: a case study in Fangshan District, Beijing, China. Food Science and Human Wellness, 2026, https://doi.org/10.26599/FSHW.2026.9251017
4. Haojie Ni#, Sizhe Qiu#, Lingxiang Wen, Wenlu Li, Xiaoli Zhang, Hong Zeng*, Yanbo Wang*. Machine learning elucidates associations between oral microbiota and the decline of sweet taste perception during aging. npj Science of Food, 2026, 10: 29.
5. Yongbo Wang#, Yu Huang#, Yazhi Liu, Lifan Chen, Xiaofei Yu, Zilong Shao, Yu Chen, Feiran Li, Sizhe Qiu, Yong Wang, Yingping Zhuang, Guan Wang*. Energy-translation coupling limits anaerobic yeast growth. Nature Communications, 2026, https://doi.org/10.1038/s41467-026-74197-4.
6. Sizhe Qiu*, Aidong Yang. Response to“Addressing flaws in the Seq2Topt dataset for the prediction of enzyme optimal temperature”. Briefings in Bioinformatics, 2026, 27(3).
7. Sizhe Qiu, Aidong Yang, Xinyu Yang, Haojie Ni, Wenlu Li, Zhennai Yang, Hong Zeng*, Yanbo Wang*.Proteome trade-off between primary and secondary metabolism shapes acid stress induced bacterial exopolysaccharide production. Metabolic Engineering, 2025, 91: 254–266.
8. Sizhe Qiu#, Nan-Kai Wang#, Yishun Lu#, Jin-Song Gong*, Jin-Song Shi, Aidong Yang*. Deep learning-based prediction of enzyme optimal pH and design of point mutations to improve acid resistance. ACS Synthetic Biology, 2025, 14, 12, 4897–4906.
9. Sizhe Qiu, Bozhen Hu, Jing Zhao, Weiren Xu, Aidong Yang*. Seq2Topt: a sequence-based deep learning predictor of enzyme optimal temperature. Briefings in Bioinformatics, 2025, 26(2): bbaf114.
10. Sizhe Qiu, Simiao Zhao, Aidong Yang*. DLTKcat: deep learning-based prediction of temperature-dependent enzyme turnover rates. Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(1): bbad506.
11. Sizhe Qiu, Xinlong Wan, Yueshan Liang, Cameron R. Lamoureux, Amir Akbari, Bernhard O. Palsson, Daniel C. Zielinski*. Inferred regulons are consistent with regulator binding sequences in E. coli. PLOS Computational Biology, 2024; 20: e1011824.
12. Sizhe Qiu#, Haoying Han#, Hong Zeng*, Bei Wang*. Machine learning based classification of yogurt aroma types with flavoromics. Food Chemistry, 2024, 438: 138008.
13. Sizhe Qiu, Hong Zeng, Zhijie Yang, Wei-Lian Hung, Bei Wang*, Aidong Yang*. Dynamic metagenome-scale metabolic modeling of a yogurt bacterial community. Biotechnology and Bioengineering, 2023, 120: 2186–2198.
14. Sizhe Qiu, Aidong Yang, Hong Zeng*. Flux balance analysis-based metabolic modeling of microbial secondary metabolism: Current status and outlook. PLOS Computational Biology, 2023, 19: e1011391.
专业著作：
1.第九章第五节“系统生物学与风味”，《食品风味化学与分析》，2025
2.第二十二章“系统生物学与食品生物成味”，《食品生物成味》，2024
联系方式：
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邮编：200237
办公室：实验18楼411室
邮箱：sizheqiu@ecust.edu.cn
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