华东理工大学生物工程学院的办学历史起源于1955年国内最早成立的抗生素制造工学专业。1972年上海科学技术大学生物系调入我校，1980年抗菌素专业更名为生物化学工程专业，1982年生物化学工程系成立。1986年食品工程专业招生。1996年生物工程学院成立。2015年，生物工程一级学科博士点获批。

 为生物工程学科发展做出重大贡献的是德高望重的俞俊棠先生。俞俊棠（1929-2013），上海市人，华东理工大学教授、博士生导师，中国生物化学工程专家。1951年大同大学毕业后分配到东吴大学工作，1952年随院系调整到华东化工学院任教。1956年，俞俊棠作为具备扎实化学化工基础和一定生物学知识的青年教师调入抗生素教研组。在抗生素教研组，俞俊棠刻苦学习，勤于向王承明、马誉澂教授请教。1959年，他被提任为教研组副主任。1966年马誉澂教授病逝后，俞俊棠担任抗生素教研组组长。1974年，学校成立抗菌素专业委员会，俞俊棠为主任。文革结束后，俞俊棠担任有机化工系主任、应用化学系主任。

经过多年的倾力打造，抗生素制造工学专业（1959年更名为抗菌素制造工学）办得很有起色：出版了《抗生素生产工艺学》、《抗生素生产设备》等专业教材。培养的毕业生成了国内各大药厂和研究机构的“抢手货”，如当时的华北制药厂、上海第三制药厂、上海第四制药厂、上海医药工业研究院、上海医药工业设计院等。

1980年，面向国民经济对生物技术人才的需求，在俞俊棠先生主持下，将抗菌素制造工学专业扩展为生物化学工程专业并于当年招生，与偏理科的从上海科学技术大学调入的生物化学专业形成相互支撑。1982年，生物化学工程系成立，俞俊棠任系主任。后成立生化工程学科，俞俊棠任学科主任。食品工程专业的创建是俞俊棠先生将生物技术应用到食品领域的学科布局。

1981年，生化工程获准招收硕士研究生。1991年，国内生物化工博士学位授权点获批。1989年，生物反应器国家重点实验室立项建设。1995年，生物反应器工程国家重点实验室建成，俞俊棠任主任。俞俊棠先生为生物工程学科建设建立了不朽功勋，是生物工程学科的奠基人。

俞俊棠先生长期从事生物化学工程的教学和科研工作，重点研究生物过程和生物反应器工程，特别是对空气过滤除菌、生物反应器的氧传递、生物反应器的设计和放大等造诣颇深。在“六五“、“七五”期间争取到了国家攻关项目，为学校争取国家“211”项目打下扎实基础。1985年，俞俊棠、屠天强完成的“发酵工业用空气除菌新材料”项目获国家科技发明四等奖。

俞俊棠曾任中国化学工程学会生物化工学会首届主任委员、中国生物化学与分子生物学会理事，中国生化工程专业委员会主任委员。兼任亚太生物化工委员会顾问、亚太生物化工APBioChEc’97主席，荣获2005年亚太生化大会杰出贡献奖。