陈琦
发布人:生工学院网站管理员  发布时间:2020-02-20   动态浏览次数:428

陈琦


生物工程专业:硕士生导师


个人简介

2013年获得上海交通大学生物信息学博士学位,20119月至20129月于美国田纳西大学/橡树岭国家实验室博士生访学。201310月加入华东理工大学生物工程学院生物催化与合成生物技术研究室,现担任助理研究员。目前主要从事基于计算生物学的典型工业用酶理性设计和改造研究。作为负责人主持国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金青年项目、上海市自然科学基金、博士后基金、中央高校基本科研业务费及企业横向课题各一项;作为主要研究骨干参与合成生物学重点研发计划一项。近年来ACS Catal.BiochemistryJ. Mol. Graph. Model.等期刊上累计发表SCI论文31篇,国内期刊教改论文1篇,授权中国发明专利4项。曾获2017年生物工程学院青年人才培育项目、2018年上海市技术发明奖一等奖(9完成人)2019年华东理工大学本科教学成果总结评选二等奖(2完成人)


教学情况

主讲本科《蛋白质的生物信息学探索》公选课,同时担任《生物信息学》及《生物信息学》(全英文)等专业课B角教师。指导本科生大创市级、校级项目2项。指导的本科生班级获得校“红旗团支部”、“十佳团支部”称号。


研究方向

 基于分子模拟和复杂网络的工业用酶结构-功能关系研究和理性设计改造

 天然产物生物合成途径的生物信息学分析


代表性论文

  1. Shang YP, Chen Q*,Li AT, Quan S, Xu JH, Yu HL*. Attenuated substrate inhibition of a haloketone reductase via structure-guided loop engineering. Journal of Biotechnology, 2020, 308: 141147.

  2. 陈琦,白云鹏,庄英萍,叶江,吴海珍,王启要*,《生物信息学》课程改革和思考,教育发展研究, 2019, 11: 72–73.

  3. Chen Q, Li CX, Zheng GW, Yu HL, Xu JH*. Computational analysis of structure-activity relationship of industrial enzymes. Chin. J. Biotech., 2019, 35(10): 1829–1842.

  4. You ZN#, Chen Q# (并列一作), Shi SC, Zheng MM, Pan J, Qian XL, Li CX*, Xu JH*, Switching cofactor dependence of 7β-Hydroxysteroid dehydrogenase for cost-Effective production of ursodeoxycholic acid. ACS Catal. 2019, 9(1): 466–473.

  5. Chen Q, Yu HL, Cheng X*, Xu JH*, Structural investigation of the enantioselectivity and thermostability mechanisms of esterase RhEst1. J. Mol. Graph. Model., 2018, 85:182–189.

  6. Cheng Q, ChenQ*, Xu JH, Yu HL*. A 3D-QSAR assisted activity prediction strategy for expanding substrate spectra of an aldehyde ketone reductase. Molecular Catalysis. 2018, 455: 224–232.

  7. Zheng GW#*, Liu YY#, Chen Q# (并列一作), Huang L, Yu HL, Lou WY, Li CX, Bai YP, Li AT, Xu JH*. Preparation of structurally diverse chiral alcohols by engineering ketoreductase CgKR1. ACS Catal. 2017, 7: 7174–7181.

  8. Chen Q, Luan ZJ, Cheng X*, Xu JH*, Molecular dynamics investigation of the substrate binding mechanism in carboxylesterase, Biochemistry, 2015, 54(9): 18411848.

  9. Chen Q, Luan ZJ, Yu HL, Cheng X*, Xu JH*, Rational design of a carboxylic esterase RhEst1 based on computational analysis of substrate binding, J. Mol. Graph. Model.,2015, 62: 319–324.

  10. Chen Q, Cheng X, Wei DQ, Xu Q*, Molecular dynamics simulation studies of the wild type and E92Q/N155H mutant of Elvitegravir resistance HIV-1 integrase, Interdiscip. Sci. Comput. Life Sci., 2015, 7(1): 36–42.

  11. Chen Q, Buolamwini JK, Smith JC, Li A, Xu Q, Cheng X*, Wei DQ*, Impact of resistance mutations on inhibitor binding to HIV-1 integrase, J. Chem. Inf. Model., 2013, 53(12): 32973307.

  12. Chen Q, Zhang T, Wang JF*, Wei DQ*, Advances in human cytochrome P450 and personalized medicine, Curr. Drug Metab., 2011, 12(5): 436444.

  13. Chen Q, Wang Z*, Wei DQ*, Progress in the applications of flux analysis of metabolic networks, Chinese Sci. Bull., 2010, 55: 23152322.


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