应用生物学系的前身为1972年原中国科学院上海分院与上海科技大学合办的“生物物理化学系”大部分教职员工并入华东化工学院（现华东理工大学）后组建、1975年开始招生的“工业生化”专业，1979年更名为理科“生物化学”专业。1996年在华东理工大学生物工程学院成立之际独立为应用生物学系，1998年执行国家教委指令进行专业调整时将“生物化学”专业改设为“生物科学”和“生物技术”两个专业。现设有生物化学与分子生物学理科博士点和生物化学与分子生物学、微生物学、微生物与生化药学三个理科硕士点。

  应用生物学系师资力量雄厚，目前有教职工21人，其中教授1人，副教授11人，占教师总数的57.1%；讲师8人，占教师总数的38.1%。在教师队伍中，具有博士学位的10人、正在攻读博士学位的2人；有硕士学位的1人。现任系主任张惠展教授。

  本系设有基础生物学、生物化学、生物技术和分子生物学四个教科组，承担了30余门本科生和研究生教学课程，且多为全国、上海市、校级精品课程或重点课程，其中国家精品课程1门--《酶工程》，上海市精品课程2门--《基因工程》和《生物化学》，上海市重点课程1门--《基因组学》，校级精品课程5门--《分子生物学》、《细胞生物学》、《细胞工程》、《基因组学》等。教师的辛勤耕耘取得了良好的教学效果，获得多项上海市、校级教学成果奖，编写了《基因工程》、《酶与酶工程》、《应用酶学》、《应用生物化学》等优秀教材，发表了包括3篇SCI收录教学论文在内的十余篇教学论文。  

  应用生物学系的科研力量也正逐步兴起，承担国家“863”计划、国家重大新药“十一五”计划、国家“十一五”支撑项目子项目、国家自然科学基金、“上海市浦江人才”计划、上海市自然科学基金等项目。近年科研经费1400余万元，发表SCI论文及其他杂志的论文数十篇。